Não existe um tratamento ideal. A escolha do tratamento depende do tipo e da intensidade dos sintomas, da idade da mulher e da sua vontade de engravidar.

Uma mulher a quem não tenha aparecido pêlo corporal pode tomar progestagénios sintéticos (um fármaco semelhante à progesterona) ou contraceptivos orais, a menos que queira engravidar, tenha chegado à menopausa ou tenha outros factores de risco associados a doenças do coração ou dos vasos sanguíneos. Também são administrados progestagénios sintéticos para reduzir o risco de cancro do endométrio devido aos elevados valores de estrogénios. Geralmente, colhe-se uma amostra do revestimento interno uterino para a examinar ao microscópio antes de começar um tratamento farmacológico para se assegurar que não há cancro.

Quando a quantidade de pêlo corporal aumenta, usam-se vários métodos de erradicação, como a electrólise, as pinças, a cera, os líquidos ou cremes para eliminar o pêlo (depilatórios), ou aclara-se a sua cor para o tornar menos visível. Nenhum tratamento para extrair o excesso de pêlo é ideal ou completamente eficaz. Outro tratamento é a administração de contraceptivos orais, embora tenham de ser tomados durante vários meses antes de se poder notar qualquer efeito que, de qualquer forma, costuma ser ligeiro.

A espironolactona, um fármaco que bloqueia a produção e a acção das hormonas masculinas, pode dar bons resultados na redução do pêlo corporal não desejado.

Os efeitos secundários são um aumento na produção de urina, diminuição da tensão arterial (por vezes até chegar ao desmaio) ao sentar ou ao levantar rapidamente, dor nas mamas e hemorragia vaginal irregular. Como os seus efeitos sobre o feto em desenvolvimento não são conhecidos, qualquer mulher sexualmente activa que tome este fármaco deverá usar métodos de controlo da natalidade eficazes.

Se uma mulher com a síndroma do ovário poliquístico deseja engravidar, pode ser-lhe administrado clomifeno, um fármaco que estimula a libertação de óvulos pelos ovários. Se não for eficaz, podem-se testar várias hormonas. Entre elas encontra-se a hormona foliculoestimulante e a hormona libertadora de gonadotropinas, que estimula a secreção da hormona foliculoestimulante. Se estes fármacos não derem resultado, pode ser considerada a possibilidade de uma intervenção cirúrgica para extirpar uma parte do ovário (ressecção em cunha) ou uma electrocauterização dos quistos ováricos (destruí-los através de uma corrente eléctrica). Apesar de estes tratamentos poderem induzir a ovulação durante um determinado período de tempo, geralmente os procedimentos cirúrgicos são o último recurso, porque se podem formar cicatrizes no tecido, capazes de fazer diminuir a capacidade da mulher para ficar grávida.