O diagnóstico e o tratamento da granulomatose de Wegener devem ser precoces para prevenir complicações como a doença renal, os enfartes cardíacos e a lesão cerebral. O médico reconhece, em geral, o conjunto característico de sintomas; contudo, efectua uma biopsia de uma zona afectada para confirmar o diagnóstico. Embora os resultados da análise de sangue não possam identificar especificamente a granulomatose de Wegener, podem confirmar o diagnóstico. Uma destas análises pode detectar anticorpos anticitoplasma dos neutrófilos, o que sugere a doença. Se o nariz, a garganta ou a pele não estiverem afectados, pode ser difícil estabelecer o diagnóstico porque os sintomas e as radiografias podem ser semelhantes aos de várias doenças pulmonares.

Antes, a forma generalizada desta doença era sempre mortal. O prognóstico melhorou de maneira significativa através do uso de medicamentos imunossupressores (como a ciclofosfamida e a azatioprina), que controlam a doença reduzindo a reacção imunitária inapropriada do organismo. O tratamento, em geral, prolonga-se pelo menos por um ano depois do desaparecimento dos sintomas. A administração de corticosteróides a fim de suprimir a inflamação pode, na maioria dos casos, reduzir-se e finalmente ser interrompida. A administração de antibióticos para tratar uma pneumonia (que se pode desenvolver se os pulmões foram lesados) pode ser indicada, dado que os medicamentos utilizados reduzem a capacidade do organismo para combater as infecções. Por vezes, a anemia pode agravar-se até ao ponto de ser necessária uma transfusão de sangue.

A doença pode começar de modo repentino ou gradual. Os primeiros sintomas afectam em geral o tracto respiratório superior, o nariz, os seios, os ouvidos e a traqueia; por vezes, podem ocorrer hemorragias nasais graves, sinusite, infecções do ouvido médio (otite média), tosse e expectoração com sangue. O revestimento do nariz pode tornar--se vermelho e áspero e sangrar com facilidade. Outros sintomas são febre, sensação de mal-estar generalizado, perda de apetite, dores e tumefacção das articulações; pode haver uma inflamação do olho ou do ouvido. A doença pode afectar as artérias que chegam ao coração, provocando dor torácica ou um ataque cardíaco (enfarte do miocárdio), ou pode afectar o cérebro ou a espinal medula, produzindo sintomas semelhantes aos de outras doenças neurológicas.

A doença pode progredir para uma fase generalizada (disseminada), com inflamação dos vasos sanguíneos de todo o organismo. Em consequência, aparecem chagas na pele que se propagam extensamente, podendo causar cicatrizes graves. A doença do rim, frequente nesta etapa da granulomatose de Wegener, varia desde uma lesão ligeira a uma insuficiência renal potencialmente mortal, causa de hipertensão e de sintomas resultantes da acumulação de substâncias de excreção no sangue (uremia). Por vezes, os pulmões são o único órgão afectado. Podem formar-se granulomas nos pulmões, o que dificulta a respiração. A anemia é frequente e pode ser grave.

A melhoria costuma surgir de forma espontânea, mas a granulomatose de Wegener progride e pode ser mortal em muitos casos, sem um tratamento adequado.