Na maior parte dos casos aparecem feridas recorrentes e dolorosas na boca, semelhantes às aftas, que são, em geral, o sintoma inicial. As úlceras no pénis, escroto e vulva costumam ser dolorosas, mas as da vagina podem ser indolores.

Os outros sintomas podem aparecer ao fim de alguns dias ou mesmo anos. Uma inflamação recidivante de uma parte do olho (iridociclite recidivante) produz dor, sensibilidade à luz e visão turva. Podem manifestar-se outros problemas oculares, como a uveíte, que pode causar cegueira sem um tratamento adequado.

Aparecem bolhas na pele e grânulos de pus em quase 80 % dos doentes. Uma ferida insignificante, como a picada de uma agulha hipodérmica, pode fazer com que a zona se inflame e inche. Em cerca de 50 % dos casos aparece uma artrite relativamente ligeira e não progressiva nos joelhos e noutras grandes articulações. A inflamação dos vasos sanguíneos (vasculite) por todo o corpo pode causar a formação de coágulos, aneurismas (protuberâncias nas paredes enfraquecidas dos vasos sanguíneos), trombose cerebral e lesão do rim. Quando o tracto gastrointestinal é afectado, os sintomas podem evoluir desde um leve mal-estar a cãibras fortes e diarreias.

Os sintomas recidivantes da síndroma de Behçet podem ser muito prejudiciais. Os períodos com sintomas ou livres de sintomas (remissões) podem durar semanas, anos ou décadas. A paralisia é uma complicação potencial, assim como as lesões do sistema nervoso, do tracto gastrointestinal ou dos vasos sanguíneos, que são em alguns casos mortais.

O diagnóstico baseia-se no exame físico porque nenhuma análise de laboratório detecta a síndroma de Behçet. A confirmação do diagnóstico pode levar meses, já que os sintomas são semelhantes aos de muitas outras doenças (como a síndroma de Reiter, a síndroma de Stevens-Johnson, o lúpus eritematoso sistémico, a doença de Crohn e a colite ulcerosa).

Embora esta síndroma seja incurável, os sintomas específicos podem ser aliviados na maioria dos casos com um tratamento adequado. Por exemplo, a aplicação local de um corticosteróide ajuda a curar os olhos inflamados e as feridas na pele. As punções com agulha devem ser evitadas porque podem inflamar. Os doentes com uma inflamação intensa dos olhos ou do sistema nervoso podem precisar de um tratamento com prednisona ou outro corticosteróide. A ciclosporina, um medicamento imunossupressor, pode ser administrada quando os problemas oculares são graves ou quando a prednisona não controla os sintomas de forma adequada.